Este estudio tiene como objetivo determinar la eficiencia del injerto para mejorar el crecimiento y la producción de tomate bajo condiciones de estrés por salinidad. Un híbrido de tomate comercial (cv. Bark) y ocho accesiones de tomate silvestre fueron evaluados a nivel molecular, fisiológico y agronómico. A nivel molecular, se emplearon dos sistemas de marcadores de genes robustos (Polimorfismo Derivado de ADN Conservado; CDDP y Polimorfismo Dirigido al Códon de Inicio; SCoT). Bark fue injertado como un injerto sobre las raíces de cuatro genotipos de tomate como portainjertos. El efecto de los portainjertos fue evaluado cultivando plantas a 0, 100 y 200 mM de NaCl. Nuestros resultados mostraron que el injerto mejoró el crecimiento de los tallos y raíces de las plantas (altura de la planta, número de ramas, peso fresco de la planta, longitud de la raíz, peso fresco y seco de la raíz), el rendimiento de frutas (rendimiento total, número y peso de frutas) y la calidad de la fruta (Vitamina C, firmeza y sólidos solubles totales) en Bark en la mayoría de los portainjertos probados. Se observó una interacción significativa entre los niveles de salinidad y los portainjertos para todas las hormonas, antioxidantes y prolina medidas. En conclusión, nuestros resultados consistentes de las tres aproximaciones (molecular, fisiológica y agronómica) revelaron que los cuatro genotipos (LA1995, LA2711, LA2485 y LA3845) se agruparon y mostraron un mejor rendimiento bajo condiciones de estrés por salinidad. Además, el injerto podría ser un método alternativo de bajo costo para mejorar la tolerancia a la sal en genotipos de tomate sensibles.