Los aminoácidos libres en los granos de cacao son precursores importantes del aroma y sabor del chocolate. En esta investigación, utilizamos técnicas estadísticas inferenciales y explicativas para verificar el efecto de diferentes condiciones de cultivo edáfico en el perfil de aminoácidos libres de los granos de cacao seco PH-16. El orden decreciente de aminoácidos libres en los granos de cacao seco PH-16 es leucina, fenilalanina, ácido glutámico, alanina, asparagina, tirosina, ácido gamma-aminobutírico, valina, isoleucina, glutamina, lisina, ácido aspártico, serina, triptófano, treonina, glicina. Con la excepción de la lisina, ningún otro aminoácido libre mostró una diferencia significativa entre las medias de las diferentes condiciones edáficas bajo la prueba F de ANOVA. Los aminoácidos libres hidrofóbicos contribuyeron en mayor medida a la varianza explicada con un 58.01% en la primera dimensión del análisis de componentes principales. El ácido glutámico destaca en la segunda dimensión con un 13.09%. Debido a la estabilidad del perfil bioquímico de aminoácidos libres en esta variedad clonal, se recomienda que los productores de cacao consideren el genotipo como la principal fuente de variación en la calidad de los granos de cacao y, en última instancia, del chocolate a producir.