Las mejoras en el rendimiento y la calidad del arroz son cruciales para la seguridad alimentaria global. Sin embargo, la producción mundial de arroz se ve sustancialmente obstaculizada por diversas tensiones bióticas y abióticas. Realizar mejoras adicionales en el rendimiento del arroz es un gran desafío para la comunidad de investigación sobre el arroz, que se puede lograr mediante el desarrollo de variedades de arroz resistentes a tensiones abióticas y la ingeniería de resistencia duradera a patógenos independiente de agroquímicos en variedades de arroz élite de alto rendimiento. Esto, a su vez, requiere una mayor comprensión de los mecanismos por los cuales las tensiones afectan el crecimiento y desarrollo del arroz. El empalme alternativo (AS), un mecanismo regulador génico post-transcripcional, permite cambios rápidos en el transcriptoma y puede generar nuevos mecanismos regulatorios para conferir plasticidad al crecimiento y desarrollo de las plantas. La creciente evidencia indica que el AS tiene un papel destacado en la regulación del crecimiento y desarrollo del arroz bajo condiciones de estrés. Varios genes regulatorios y estructurales y factores de empalme del arroz experimentan diferentes tipos de eventos de AS inducidos por estrés, y se ha definido la importancia funcional de algunos de ellos en la tolerancia al estrés. Tanto el arroz como sus patógenos utilizan este complejo mecanismo regulador para idear estrategias entre sí. Esta revisión abarca la comprensión actual y la evidencia de la participación del AS en genes responsables de la respuesta a estrés biótico y abiótico, y su relevancia para el crecimiento y desarrollo del arroz. Además, discutimos las implicaciones del AS para la virulencia de diferentes patógenos del arroz y destacamos las áreas de investigación futura y posibles avenidas para desarrollar variedades de arroz resistentes a enfermedades y adaptadas al clima.