El glioblastoma es una enfermedad extremadamente heterogénea. El fracaso del tratamiento y la recurrencia del tumor reflejan principalmente la presencia en el núcleo tumoral (TC) de las células madre de glioma (GSC), y en segundo lugar, la contribución, aún por definir, de la zona cerebral peritumoral (PBZ). Utilizando la plataforma array-CGH, profundizamos en el conocimiento genómico sobre los diferentes componentes del GBM e identificamos nuevos biomarcadores específicos útiles para nuevas terapias. Primero investigamos el perfil genómico de 20 TCs de GBM; luego, para 14 casos y 7 casos, respectivamente, comparamos estos perfiles genómicos con los de las culturas de GSC relacionadas y las biopsias de PBZ. El análisis de 20 TCs confirmó la heterogeneidad intertumoral y un alto porcentaje de alteraciones en el número de copias (CNA) en las vías canónicas del GBM. Al comparar los perfiles genómicos de 14 pares TC-GSC, evidenciamos una robusta similitud entre las dos muestras de cada paciente. Los genes desbalanceados compartidos están relacionados con el desarrollo y la progresión del cáncer y en las vías metabólicas, como lo demuestra el análisis bioinformático utilizando DAVID. Finalmente, la comparación entre 7 pares TC-PBZ conduce a la identificación de alteraciones únicas de PBZ que requieren una investigación adicional.