La dermatitis atópica (DA) es una enfermedad inflamatoria de la piel prevalente que se ha asociado con cambios en la composición microbiana intestinal en la primera infancia. Sin embargo, hay estudios longitudinales limitados que examinan el microbioma intestinal en la DA. Este estudio tuvo como objetivo explorar la taxonomía y las funciones metabólicas a través de microbiomas intestinales longitudinales asociados con la DA en la primera infancia, de 9 a 30 meses de edad, utilizando un análisis de datos integrativo dentro de la población tailandesa. Nuestro análisis reveló que la diversidad del microbioma intestinal no era diferente entre los grupos sano y de DA; sin embargo, se observaron diferencias taxonómicas significativas. Bacterias intestinales clave con potenciales de producción de ácidos grasos de cadena corta (AGCC), como , , , y especies, mostraron una mayor abundancia en el grupo de DA. Además, se observaron alteraciones metabólicas entre los grupos sano y de DA asociadas con la producción de vitaminas y la respuesta inmune del huésped, como la biosíntesis de menaquinol, succinato y (Kdo)2-lípido A. Este estudio sirve como el primer marco para monitorear los desequilibrios microbianos longitudinales y las funciones metabólicas asociadas con enfermedades alérgicas en niños tailandeses durante la primera infancia.