Esta investigación es una de las pocas descripciones comparativas a nivel intraespecífico de microbiomas de aves no paserinas silvestres. Investigamos por primera vez el microbioma intestinal de perdices de patas rojas utilizando pellets fecales para proporcionar una gestión más informada. Nos centramos en una pequeña población italiana compuesta por dos demes (OESTE, ESTE) separadas por unos 20 km en los lados opuestos de la isla de Elba. Dada la pequeña escala espacial, establecimos un protocolo de muestreo para minimizar la contaminación de bacterias ambientales, así como las diferencias debidas a variaciones en, entre otros, hábitat, estación y edad de las heces, que podrían afectar la investigación de los tres sitios de Elba. Encontramos una divergencia significativa entre las subpoblaciones de Elba OESTE y ESTE en términos de composición microbiana y diversidad alfa. Aunque los filos bacterianos más representados eran los mismos en todos los sitios, los microbiomas mostraron una diversidad mucho mayor en las perdices del oeste que en las del este. Este resultado podría estar relacionado con necesidades fisiológicas individuales que divergen localmente y/o con diferentes intensidades en liberaciones pasadas de aves criadas en cautiverio entre los dos lados de Elba. Sugerimos que las dos subpoblaciones deben ser tratadas como unidades de gestión distintas.