Los musgos albergan comunidades bacterianas diversas que son esenciales para su adaptación, adquisición de nutrientes, tolerancia al estrés y defensa contra patógenos. Comprender la composición taxonómica del microbioma es el primer paso, pero desentrañar sus capacidades funcionales es crucial para entender su importancia ecológica. La metagenómica caracteriza las comunidades microbianas por su composición, mientras que la metatranscriptómica explora la expresión génica, proporcionando información sobre la funcionalidad del microbioma más allá de la estructura. Aquí, presentamos por primera vez un estudio metatranscriptómico de dos especies de musgos, (Hedw.) y (Hedw.) Dixon., reconocidas como biomonitores clave de la contaminación atmosférica y del agua. Nuestra investigación va más allá del perfilado taxonómico y ofrece una profunda exploración de las comunidades bacterianas de los musgos. Pseudomonadota y Actinobacteria son los filos bacterianos dominantes en ambas especies de musgos, pero sus proporciones difieren. En , Actinobacteria constituyen el 62.45% y Pseudomonadota el 32.48%, mientras que en , Actinobacteria representan solo el 25.67% y Pseudomonadota el 69.08%. Este contraste a nivel de filo se refleja en las diferencias a nivel de género. Nuestro estudio también muestra la expresión de la mayoría de los genes relacionados con el ciclo del nitrógeno en ambos microbiomas. Además, la anotación funcional destaca disparidades en la prevalencia de rutas, incluyendo la fijación de dióxido de carbono, la fotosíntesis y la biosíntesis de ácidos grasos, entre otros. Estos hallazgos sugieren posibles distinciones metabólicas entre las comunidades microbianas asociadas con diferentes especies de musgos, influenciadas por sus genotipos y hábitats específicos. La integración de datos metatranscriptómicos promete mejorar nuestra comprensión de las asociaciones entre briofitas y microbios, abriendo vías para nuevas aplicaciones en conservación, biorremediación y agricultura sostenible.