Se ha convertido en una nueva fuente de alimento proteico ya que contiene un alto nivel y calidad de proteínas. Sin embargo, esta microalga presenta una pared celular recalcitrante y sus principales proteínas forman complejos proteína-pigmento unidos a la membrana tilacoide. El objetivo del presente estudio fue evaluar la influencia de los pretratamientos mecánicos/físicos (molienda con cuentas, extrusión, liofilización, calentamiento, microondas y sonicación) en la solubilidad de las proteínas. El contenido total de proteínas y la solubilidad se evaluaron mediante el método de Bradford y la cuantificación mediante SDS-PAGE. La degradación de las proteínas se evaluó mediante la cuantificación de las fracciones proteicas (18-26 kDa, 40-48 kDa y otras) en geles de SDS-PAGE. La formación de péptidos se evaluó utilizando el ensayo de -ftaldehído. Los resultados mostraron una disminución en el contenido total de proteínas en el sobrenadante con la extrusión (0,07 a 1,42 mg/mL) y los pretratamientos con microondas, y en el pellet con la extrusión. Por lo tanto, la extrusión, seguida de microondas, fue el pretratamiento más efectivo para la desnaturalización y solubilidad de las proteínas. Se sugiere que el proceso de extrusión causa una desnaturalización irreversible y agregación de las principales proteínas de la microalga (-ficocianina y aloficocianina), con una fuerte disminución en su solubilidad. Por lo tanto, la extrusión podría aumentar la bioaccesibilidad de las proteínas y permitir la incorporación de esta microalga en niveles más altos en dietas monogástricas.