La utilización eficiente de los recursos genéticos de las plantas para la nutrición y la mejora de cultivos requiere una comprensión sistemática de los rasgos importantes. Las especies están distribuidas en todo el mundo con una interesante diversidad de variedades locales y cultivares cuyas hojas y semillas son consumidas. A pesar de su potencial para mejorar la seguridad alimentaria y los medios de vida económicos, la mejora del amaranto grano para mejorar la calidad nutricional y su adopción por parte de los agricultores en África subsahariana es escasa. Este estudio evaluó la variación entre 29 accesiones de amaranto grano utilizando 27 caracteres fenotípicos (10 morfológicos y 17 nutricionales) y 16 iniciadores de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD). El análisis multivariante de los caracteres fenotípicos mostró que los primeros cuatro componentes principales contribuyeron con el 57.53% de la variabilidad observada, mientras que el análisis de conglomerados arrojó cinco grupos con un coeficiente de similitud del 87.5%. Los iniciadores RAPD generaron un total de 193 amplicones con un promedio de 12.06 amplicones por iniciador, de los cuales el 81% fueron polimórficos. Las similitudes genéticas basadas en el coeficiente de Jaccard variaron de 0.61 a 0.88. El método de agrupamiento no ponderado basado en RAPD con media aritmética agrupó las accesiones en nueve clústeres, con las mismas especies agrupándose juntas. Los iniciadores RAPD distinguieron las accesiones de manera más efectiva que los marcadores fenotípicos. Las accesiones en los diferentes clústeres obtenidos pueden ser explotadas para obtener ganancias heteróticas en los rasgos nutricionales deseados.