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Exploración de los Patrones de Variación de la Tasa de Recombinación a Nivel Genómico en Diferentes Escalas en Cerdos

Autores: Chen, Zuoquan; Zhou, Meng; Sun, Yingchun; Tang, Xi; Zhang, Zhiyan; Huang, Lusheng

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Exploración de los Patrones de Variación de la Tasa de Recombinación a Nivel Genómico en Diferentes Escalas en Cerdos


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Zootecnia

Palabras clave

Recombinación
Razas
Cerdos
Diversidad genética
Puntos calientes
Evolución

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 8

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La recombinación meiótica es un proceso prevalente en organismos de reproducción sexual eucariota que desempeña un papel clave en la diversidad genética, la selección de razas y la evolución de especies. Sin embargo, los eventos de recombinación difieren entre razas e incluso dentro de las razas. En este estudio, inicialmente calculamos las tasas de recombinación poblacional a gran escala de ambos sexos utilizando aproximadamente 52 K genotipos SNP en un total de 3279 cerdos de cuatro razas diferentes chinas y occidentales. Luego, construimos un mapa de recombinación histórica de alta resolución utilizando aproximadamente 16 millones de SNP de una muestra de individuos no relacionados. El análisis comparativo de los eventos de recombinación porcinos de diferentes razas y a diferentes resoluciones reveló las siguientes observaciones: En primer lugar, los mapas de recombinación de cerdos a escala de 1 Mb del mismo sexo son moderadamente conservados entre diferentes razas, siendo la similitud de los eventos de recombinación entre cerdos occidentales y cerdos indígenas chinos menor que dentro de sus respectivos grupos. En segundo lugar, identificamos 3861 puntos calientes de recombinación en el genoma y observamos una correlación de nivel medio a alto entre las tasas de recombinación histórica (0.542~0.683) y las estimaciones de tasas de recombinación meiótica. En tercer lugar, observamos que los puntos calientes de recombinación están significativamente alejados de los sitios de inicio de transcripción de los genes porcinos, y el motivo de reconocimiento de ADN del dominio de dedo de zinc predicho por silico está significativamente enriquecido en las regiones de puntos calientes de recombinación en comparación con los puntos fríos de recombinación, destacando el papel potencial de la regulación de los puntos calientes de recombinación en cerdos. Nuestro estudio analizó los patrones de variación del mapa de recombinación porcino a escalas amplias y finas, proporcionando una referencia valiosa para la cría por selección genómica y sentando una base crucial para comprender mejor los mecanismos moleculares de la recombinación del genoma porcino.

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