Los transcriptomas de plantas ofrecen un recurso valioso para estudiar comunidades virales (viromas). En este estudio, exploramos cómo los datos del transcriptoma de plantas pueden aplicarse a la investigación de viromas. Analizamos 40 transcriptomas de soja en diferentes etapas de crecimiento e identificamos seis virus: el virus del marchitamiento de la habichuela (BBWV2), el virus amarillo de brassica (BrYV), el virus amarillo occidental de la remolacha (BWYV), el virus del mosaico del pepino (CMV), el virus enano de la alfalfa (MDV) y el virus del mosaico de la soja (SMV). El SMV fue el virus predominante en los cultivares (GM) y (GS). Nuestro análisis confirmó su abundancia en ambos, mientras que el BBWV2 y el CMV fueron más prevalentes en GS que en GM. Las proporciones virales variaron a través de las etapas de desarrollo, alcanzando su punto máximo en flores abiertas. Comparar la abundancia viral medida por lecturas virales y valores de fragmentos por kilobase de transcriptoma por millón (FPKM) reveló información. El SMV mostró valores de FPKM similares en GM y GS, pero el BBWV2 y el CMV mostraron proporciones de FPKM más altas en GS. Notablemente, las diferencias en la abundancia viral entre GM y GS fueron generalmente insignificantes según los valores de FPKM a través de las etapas de desarrollo, excepto en la etapa de yema apical en cuatro cultivares GM. También detectamos el MDV, un virus multisegmentado, en dos muestras de GM, con proporciones variables de sus segmentos. En conclusión, nuestro estudio demuestra el potencial de los transcriptomas de plantas para la investigación de viromas, destacando sus fortalezas y limitaciones.