La producción estable de semillas de alta vigorosidad es fundamental para el rendimiento de los cultivos. Además, una alta longevidad es esencial para evitar la pérdida progresiva de vigor de las semillas durante el almacenamiento. Ambos rasgos de las semillas están fuertemente influenciados por el ambiente durante el desarrollo de las semillas. Aquí, investigamos el impacto del estrés térmico (HS) durante la maduración del fruto en la vida útil de las semillas de tomate durante el almacenamiento a humedad relativa moderada, la velocidad (t50) y la homogeneidad de la germinación, utilizando una población MAGIC que se produjo en condiciones óptimas y de HS. Se utilizó un índice de plasticidad para evaluar la magnitud del impacto del HS para cada rasgo. El HS redujo la longevidad promedio y la homogeneidad de la germinación en un 50% dentro de los padres y la población MAGIC. Sin embargo, hubo una alta variabilidad genética en la respuesta de las semillas al estrés térmico. Se identificaron un total de 39 QTLs, incluidos seis QTLs de longevidad para semillas de condiciones de control (3) y de HS (3), y seis QTLs de plasticidad para longevidad, con solo uno superpuesto a un QTL de longevidad bajo HS. Cuatro de los seis QTLs de longevidad co-localizaron con QTLs de t50, revelando puntos críticos para los rasgos de calidad de las semillas. Se analizaron veintiún QTLs con intervalos inferiores a 3 cM utilizando datos previos de transcriptoma y redes de genes para proponer genes candidatos para los rasgos de vigor y longevidad de las semillas.