La comprensión del transporte y el intercambio de masas de agua tanto dentro de un arrecife como entre un arrecife y el océano circundante es necesaria para describir una amplia gama de procesos ecosistémicos que están moldeados por el movimiento de material y calor. Mostramos cómo los novedosos métodos de procesamiento de datos lagrangianos, desarrollados específicamente para revelar estructuras de transporte clave y a menudo ocultas, pueden ayudar a visualizar los patrones de transporte de flujo dentro y alrededor de sistemas de arrecifes morfológicamente complejos. Como un estudio de caso, consideramos el transporte de flujo impulsado por olas dentro del Arrecife Ningaloo en Australia Occidental. Mostramos que una red de estructuras de transporte de flujo que atraen, repelen y atrapan organiza el transporte de flujo hacia, alrededor y fuera del arrecife. Este enfoque es ampliamente aplicable a sistemas de arrecifes de coral, ya que la combinación de una batimetría bien definida y mecanismos de forzado de flujo persistentes (por ejemplo, por rompimiento de olas o mareas) es propicia para la existencia de estructuras de transporte lagrangiano persistentes que organizan el transporte de material.