El rasgo de superficie rugosa en el pimiento (L.), caracterizado por crestas y depresiones en la epidermis del fruto, está relacionado con una mejor textura del fruto. Para investigar su base reguladora, se analizaron diferencias histológicas, texturales y transcriptómicas en genotipos contrastantes. El análisis histológico reveló que las capas celulares epidérmicas desorganizadas contribuyen a la rugosidad, con diferencias morfológicas que emergen alrededor de 10 días después de la anthesis (DPA). Se desarrolló un índice de rugosidad (RI) basado en diseño asistido por computadora (CAD) que mostró una fuerte correlación con las puntuaciones sensoriales de rugosidad (R = 0.659, < 0.001). El análisis de textura demostró que el aumento de la rugosidad superficial estaba asociado con una reducción de la fuerza de ruptura y la dureza, así como con una mayor actividad de pectinasa. El perfil transcriptómico comparativo identificó 10 genes expresados diferencialmente (DEGs) relacionados con la dinámica de microtúbulos (por ejemplo, y) y la señalización de fitohormonas (por ejemplo, y), que exhibieron patrones de expresión espacial y temporal distintos. Estos hallazgos sugieren que la remodelación coordinada del citoesqueleto y la regulación hormonal impulsan la desorganización epidérmica, lo que lleva a la rugosidad superficial y a una textura alterada del fruto. El estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la base molecular de la morfología de la superficie del fruto e identifica objetivos prometedores para la mejora de cultivares de pimiento de alta calidad.