Los sistemas agroforestales de café (CAFS) en Veracruz, México, están siendo desplazados por monocultivos de aguacate debido a su alto valor económico. Este cambio puede generar alteraciones en el tipo de residuos orgánicos producidos y en la actividad biológica del suelo (SBA), la cual es sensible a variaciones climáticas, cambios en la composición florística y manejo agronómico. Puede evaluarse a través de la respiración del suelo y la macrofauna, ambos relacionados con la dinámica del carbono (C) y nitrógeno (N) del suelo. El objetivo fue: (1) Analizar la variación de la SBA, así como la dinámica de C y N en sistemas agroforestales de café modificados; (2) Métodos: Se compararon tres CAFS (renovado, poda intensiva y con la introducción de aguacates) y una plantación de aguacates. Las evaluaciones se realizaron durante el período 2017-2019. Se midieron parámetros del suelo (respiración, macrofauna, contenidos de C y N) y contenido de C de la biomasa vegetal en parcelas de 25 x 25 m de tres profundidades del suelo en triplicado. Se realizó la prueba de Spearman y un análisis de componentes principales para determinar la dependencia estructural de la dinámica de C y N; (3) Resultados: La introducción de aguacate mostró los valores más bajos de respiración del suelo (con 193 g CO ha h a 0-10 cm de profundidad), este sistema no mostró macrofauna del suelo y aumentó el contenido de carbono orgánico del suelo. La relación C/N del suelo fue sensible a la introducción de aguacate. La correlación entre la respiración del suelo y los parámetros relacionados con la hojarasca fue positiva, pero fue negativa con la materia orgánica del suelo y el nitrógeno total del suelo, explicando el 67.7% de la variación; (4) Conclusiones: La modificación de los CAFS generó variaciones en la SBA y los contenidos de C y N del suelo.