La colza es el cultivo de aceite más importante utilizado en las industrias alimentaria y de biodiésel. En este estudio, basado en polimorfismos de nucleótido único (SNP) identificados a partir de la genotipificación por secuenciación (GBS), y un estudio de asociación del tiempo de floración, se investigaron los contenidos de grasa cruda y ácidos grasos en 46 líneas mutantes de colza derivadas de rayos gamma. Se generaron un total de 623,026,394 lecturas de datos limpias con un promedio de 6.6 millones de lecturas. Un conjunto de 37,721 SNPs filtrados se utilizó para realizar análisis de ontología génica y análisis filogenético. El análisis jerárquico de conglomerados de las líneas mutantes de colza dio ocho grupos basados en el tiempo de floración y las composiciones de ácidos grasos. El análisis ontológico génico de las líneas mutantes mostró que muchos genes que muestran SNPs están involucrados en procesos celulares, anatomía celular y unión. Un total de 40 SNPs estaban significativamente asociados con el tiempo de floración (1 SNP), el contenido de grasa cruda (2 SNPs) y el contenido de ácidos grasos (37 SNPs). Un total de 21 genes fueron anotados a partir de los SNPs del contenido de ácidos grasos; entre ellos, nueve genes estaban significativamente enriquecidos en procesos reproductivos, como el desarrollo embrionario, el desarrollo de frutos y el desarrollo de semillas. Este estudio demostró que los SNPs son herramientas eficientes para la selección de mutantes y proporciona una base para mejorar la calidad del aceite de colza.