La microbiota juega un papel primordial en la inhibición de patógenos de plantas en los suelos. Sin embargo, la correlación entre las partículas del suelo y las comunidades microbianas locales no ha sido completamente confirmada. En este estudio, contrastamos las diferentes agrupaciones de comunidades microbianas entre suelos supresores y favorables a través de la diferenciación de fracciones de tamaño de partículas del suelo (PSFs). Además, extraímos las asociaciones interactivas directas e indirectas entre los factores bióticos y abióticos del suelo utilizando muestras de dos sistemas continuos de cultivo de plátano. Se mostraron diferencias notables en la composición de PSF, rasgos biológicos (comunidades microbianas y patrones enzimáticos) y parámetros fisicoquímicos entre suelos supresores y favorables entre las diferentes fracciones de suelo. Por ejemplo, en comparación con los suelos favorables, los suelos supresores tienen mayores contenidos de nutrientes, abundancia y diversidad fúngica y actividades enzimáticas, y se exploró la magnitud de estas diferencias para fracciones de diferentes tamaños. Además, la composición taxonómica microbiana varió significativamente entre suelos supresores y favorables a enfermedades. Por ejemplo, hubo diferencias significativas en la abundancia relativa entre comunidades microbiológicas clave, como X, Y, Z, y W, especialmente para microorganismos antagonistas (es decir, A, B, C, etc.) en diversas fracciones de suelo. Además, el modelado de ecuaciones estructurales (SEM) mostró que las complejas asociaciones entre las PSFs del suelo, los parámetros fisicoquímicos y las comunidades microbianas fueron mediadas por múltiples vías, que luego impulsan las actividades enzimáticas del suelo y pueden influir aún más en la supresión del suelo. Estos resultados demuestran que las comunidades microbianas residentes en partículas específicas del suelo pueden desempeñar un papel crucial en el desarrollo de la supresión del suelo contra la enfermedad del marchitamiento del plátano.