El estrés por sequía es una restricción importante para la calidad y producción de Bunge (Danshen). Este estudio tuvo como objetivo investigar los mecanismos moleculares post-traduccionales en las hojas en respuesta al estrés por sequía utilizando análisis cuantitativo de fosfoproteómica. Las plantas fueron sometidas a estrés al retener el agua durante dos semanas (estrés moderado por sequía) y cuatro semanas (estrés alto por sequía). Se prepararon muestras de hojas con etiquetado de etiquetas de masas en tándem. Se realizó cromatografía líquida-espectrometría de masas en tándem para la fosfoproteómica cuantitativa. Se utilizaron métodos bioinformáticos para identificar los fosfositios y fosfoproteínas que cambiaron significativamente los niveles de fosforilación ante el estrés por sequía. Un total de 119 fosfoproteínas comunes cambiaron significativamente tanto en el estrés alto como en el moderado por sequía. Los niveles de fosforilación de proteínas relacionadas con el procesamiento de proteínas, la fotosíntesis, la unión de ARN y el empalme cambiaron significativamente en el estrés alto por sequía, no en el moderado por sequía. Además, identificamos que los niveles de fosforilación de Ser de la mayoría de las proteínas relacionadas con el metabolismo de terpenos y el empalme de ARN fueron regulados por el estrés por sequía. Los niveles de fosforilación de Ser y Thr de proteínas de metabolismo energético (incluyendo FBA2/8, PPC4 y PPCC) y proteínas de choque térmico (incluyendo HSP70 y HSP90) fueron regulados al alza por el estrés por sequía. Nuestro estudio mostró los mecanismos post-transcripcionales en las hojas en respuesta al estrés por sequía.