Varios estudios recientes publicados informaron que el consumo de queso puede proteger contra la aparición de enfermedades cardiovasculares y diabetes tipo 2 debido a la presencia de péptidos bioactivos. En el presente trabajo, se caracterizaron seis variedades de queso (los quesos tradicionales egipcios Karish, Domiati y Ras, así como los quesos tipo Feta, Gouda y Edam) por sus perfiles de peptidómica mediante espectrometría de masas de alta resolución, actividades biológicas y contenido en péptidos bioactivos. Las actividades más altas de inhibición de ACE y DPP-IV se encontraron en el queso Gouda, que también mostró la mayor actividad antioxidante. Se identificaron un total de 809 péptidos originarios de las principales proteínas de la leche, de los cuales 82 eran bioactivos. La mayoría de ellos mostraron actividades de inhibición de ACE, antioxidante e inhibición de DPP-IV. La mayor cantidad de los tripeptidos anti-hipertensivos in vivo VPP e IPP se encontró en el queso Gouda (39.19 +/- 1.26 y 17.72 +/- 0.89 mg/100 g de queso, respectivamente), mientras que la mayor cantidad de APFPE se detectó en el queso Edam (509.13 +/- 20.44 mg/100 g de queso). Estos resultados sugieren que la ingesta de quesos Edam, Domiati y, especialmente, Gouda puede resultar en un posible efecto anti-hipertensivo en sujetos hipertensos.