Utilizamos la metabarcodificación de ADN ambiental (eDNA) y encuestas de arrastre de fondo para evaluar la diversidad y estructura de la comunidad de peces en el Mar Amarillo. La metabarcodificación de eDNA detectó una riqueza de especies significativamente mayor (86 frente a 41 especies), diversidad alfa (índices de Shannon, Simpson y Chao1) y riqueza taxonómica/filogenética/funcional que el arrastre de fondo. Los resultados del PCoA revelaron un agrupamiento geográfico más claro en los datos de eDNA, mientras que el análisis de RDA identificó la temperatura, NO y NH como los principales factores ambientales para ambos métodos. El eDNA capturó más componentes de biodiversidad y riqueza funcional local, demostrando su potencial para complementar el arrastre en el monitoreo eficiente y no invasivo de ecosistemas costeros.