Los problemas de comportamiento en yeguas reproductivamente sanas son un tema desafiante que se trata con éxito mediante ovariectomía bilateral (OB). Este procedimiento laparoscópico representa una alternativa al tratamiento conservador para yeguas que no están destinadas a la cría y resulta en una alta satisfacción por parte de los propietarios en cuanto a la mejora del comportamiento. Sin embargo, falta una explicación patohistológica que justifique la extirpación quirúrgica de los ovarios en relación con el bienestar animal. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue evaluar patohistológicamente los ovarios extraídos bilateralmente, clínicamente no notables, de yeguas con problemas de comportamiento (bOE, n = 20) y compararlos con tumores de células de la granulosa confirmados patohistológicamente de yeguas con ovarios neoplásicos (GCT-uOE, n = 10). Se analizó un conjunto de datos completo que incluía la presentación preliminar, el examen clínico y los niveles de hormona antimülleriana (AMH) y testosterona en suero en ambos grupos. Ambas hormonas fueron significativamente más altas en GCT-uOE en comparación con bOE. La expresión inmunohistoquímica de Ki-67, AMH, aromatasa, receptor del factor de crecimiento epidérmico, calretinina y cadherina epitelial en células de la granulosa de grandes estructuras foliculares en bOE no difirió de las células de la granulosa neoplásicas en GCT-uOE. Cambios neoplásicos tempranos no detectables ultrasonográficamente fueron evaluados patohistológicamente en el 15% de las yeguas y folículos similares a anovulatorios en el 30% de las yeguas en bOE y podrían ser una explicación para la alta tasa de éxito de OB en el 85% de bOE en este estudio.