Aquí, describimos el complejo sistema nervioso en cinco etapas tempranas de desarrollo (blastocisto, gastrula, auricularia, doliolaria y pentactula) de una especie de holoturia de alto valor económico. Los resultados revelaron que el sistema nervioso de los embriones y larvas se distribuye principalmente en la región apical anterior, bandas o anillos ciliados, y los órganos de alimentación y fijación, y que la inmunorreactividad serotonérgica no se observó hasta que el embrión se desarrolló en la gastrula tardía; estas son características evolutivamente conservadas de las larvas de equinodermos, hemicordados y protostomos. Además, basándonos en los datos de transcriptoma disponibles, informamos sobre el perfil de precursores de neuropeptidos en diferentes etapas de desarrollo embrionario y larval. Este análisis mostró que 40 precursores de neuropeptidos presentes en los pepinos de mar adultos también se identificaron en diferentes etapas de desarrollo de embriones y larvas, y solo cuatro precursores de neuropeptidos predichos en adultos estaban ausentes en embriones y larvas. Combinando la expresión cuantitativa de diez genes específicos de precursores de neuropeptidos (NPs) mediante qRT-PCR, revelamos los importantes roles potenciales de los neuropeptidos en el desarrollo embrionario, la alimentación y la fijación en larvas. En conclusión, este trabajo proporciona nuevas perspectivas sobre las diversas funciones fisiológicas de los neuropeptidos y contribuye a la comprensión de la evolución de los sistemas neuropeptidérgicos en embriones y larvas de equinodermos.