Las vacunas subunitarias basadas en péptidos como epítopos/antígenos inmunogénicos mínimos pueden inducir respuestas inmunitarias altamente específicas sin desencadenar reacciones adversas. Aquí, se identificaron péptidos en el inmunopeptidoma de macrófagos porcinos genotipados para diferentes moléculas de clase II que fueron estimulados con las bacterias. Se utilizaron enfoques de inmunopeptidómica y espectrometría de masas para la identificación de péptidos, junto con dos predictores para el análisis de inmunoinformática. Se observaron diferencias entre individuos en cuanto a longitud, preferencias de elución y predicciones de elución. Se identificaron treinta y un péptidos bacterianos; la proteína de la membrana externa A y la proteína chaperonina GroEL tenían el mayor número de péptidos. Dado que las proteínas con el mayor número de péptidos se han sugerido como antígenos candidatos para vacunas, todos los péptidos bacterianos identificados pueden considerarse epítopos candidatos prometedores al determinar su inmunogenicidad.