El antílope tibetano es una especie en peligro de extinción que sufre por la caza furtiva y la fragmentación de su hábitat. La flora intestinal y los metabolitos juegan un papel crucial en la homeostasis fisiológica de los hospedadores, que están influenciados por diversos factores ambientales como la variación estacional. En esta investigación en particular, nuestro objetivo principal fue explorar las alteraciones en el metabolismo y la microbiota intestinal entre la temporada fría y la temporada cálida, utilizando metabolómica no dirigida y análisis de secuenciación del gen 16S rRNA. Los hallazgos indicaron que había una mayor alfa-diversidad de microbios intestinales durante la temporada fría que durante la temporada cálida. El análisis de coordenadas principales reveló discrepancias estacionales notables en la función y estructura de los microbios intestinales. La abundancia relativa de ciertos microbios aumentó significativamente durante la temporada fría en comparación con la temporada cálida. Además, las funciones metabólicas primarias de los microorganismos intestinales del antílope tibetano fueron significativamente más altas durante la temporada fría. Los resultados del análisis de metabolómica no dirigida mostraron un total de 532 metabolitos que eran significativamente diferentes entre los grupos de la temporada fría y la temporada cálida. Se encontró que estos metabolitos estaban enriquecidos en un total de 62 vías metabólicas. Entre las vías de enriquecimiento más significativas estaban el metabolismo de purinas y el metabolismo de pirimidinas. Los niveles de metabolitos relacionados en esas vías fueron notablemente más altos en la temporada cálida en comparación con la temporada fría. El análisis integral de 16S rRNA y el metaboloma revela que hay una correlación significativa entre la microbiota diferencial y los metabolitos diferenciales. Por lo tanto, los cambios en la microbiota intestinal causados por cambios estacionales también influyeron en los metabolitos. Esta investigación revela la función de los cambios estacionales en la flora intestinal y los metabolitos en la adaptación a las fluctuaciones ambientales y proporciona una base teórica para instruir la gestión de la protección del antílope tibetano.