Mientras el control de hongos fitopatógenos del suelo se vuelve cada vez más difícil sin usar productos químicos, la preocupación por el uso intensivo de pesticidas en la agricultura está impulsando un manejo más ecológico de la protección de cultivos. Entre estos enfoques, el uso de compost para suprimir enfermedades fúngicas podría tener un gran potencial. En este estudio, se ha aplicado un enfoque multidisciplinario para caracterizar la composición de la microbiota de dos composts en granjas y evaluar sus actividades supresoras y biostimulantes. El sistema de compostaje en granjas utilizado en este estudio fue capaz de producir dos composts caracterizados por una comunidad microbiota antagonista capaz de suprimir patógenos de plantas y estimular el crecimiento de las plantas. Nuestros resultados sugieren un papel potencial para los géneros X e Y en la supresión, mientras que los géneros Z y W parecen estar potencialmente involucrados en la biostimulación de plantas. En conclusión, este estudio combina diferentes técnicas para caracterizar composts, ofreciendo una visión única de las comunidades microbianas y su papel en la supresión, ayudando a desentrañar su complejidad.