La guayaba superfruta (L.) es una de las frutas más saludables debido a su alto contenido de fibra dietética antioxidante y vitamina. Sin embargo, el crecimiento y desarrollo de esta planta se ven severamente afectados por el estrés salino, principalmente en la etapa de plántula. Los microARNs (miARNs) son moléculas de ARN pequeñas, no codificantes, endógenas y altamente conservadas que desempeñan roles regulatorios clave en el desarrollo de la planta, la morfogénesis de órganos y la señalización de respuesta al estrés. En este estudio, aplicando enfoques computacionales y siguiendo criterios de filtrado altamente estrictos, se caracterizaron un total de 40 microARNs potenciales pertenecientes a 19 familias de guayaba. Los precursores de miARN identificados formaron estructuras de bucle de tallo estables y mostraron una alta conservación de secuencia entre especies de plantas diversas y evolutivamente distantes. El patrón de expresión diferencial de siete miARNs de guayaba seleccionados se registró bajo estrés salino y se encontró que fueron los más afectados. Utilizando la herramienta psRNATarget, en este estudio se identificaron un total de 49 transcritos diana potenciales de los miARNs de guayaba caracterizados, que están principalmente involucrados en vías metabólicas, desarrollo celular y señalización de respuesta al estrés. También se ha construido una red biológica para comprender la regulación génica mediada por miARNs utilizando los valores de energía libre mínima (MFE) de la interacción miARN-diana. Hasta donde sabemos, este es el primer informe de miARNs de guayaba y sus objetivos.