Las ovejas sufren cambios metabólicos complejos durante el embarazo. Comprender el proceso específico de estos cambios es un requisito necesario en las ovejas para regular e intervenir con el fin de mantener los embarazos. Sin embargo, ha habido relativamente pocos estudios sobre los cambios específicos que ocurren en el metabolismo nutricional en ovejas embarazadas durante la early gestation, especialmente para algunas razas locales en áreas muy frías. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo (1) elucidar los cambios en los metabolitos y comunidades microbianas en ovejas embarazadas durante la early gestation utilizando enfoques de metabolómica y secuenciación de amplicones del gen de ARN ribosomal 16S (rDNA), y (2) descubrir nuevos biomarcadores inducidos por el embarazo temprano en la sangre y las heces. Los carneros fueron colocados junto con las ovejas en el día 0 y retirados en el día 45. Durante la early gestation, se recolectaron muestras de sangre y heces de las ovejas en un área muy fría para analizar los metabolitos y comunidades microbianas; estas fueron clasificadas retrospectivamente como el grupo de ovejas embarazadas en early gestation (EP) o el grupo de ovejas no embarazadas (NP) según el estado de parto registrado durante el período de entrega esperado. Se caracterizaron las diferencias en los parámetros bioquímicos plasmáticos, metabolitos plasmáticos y comunidades microbianas fecales de ovejas embarazadas y no embarazadas. Se seleccionaron el GC, IL-6, O-acetil-l-serina, L-glutamina y ácido 6-acetamido-2-oxohexanoico como biomarcadores potenciales para evaluar la ocurrencia de un embarazo temprano. Estos nuevos metabolitos inducidos por el embarazo temprano descubiertos en ovejas podrían permitir el desarrollo de tecnologías para detectar embarazos tempranos en ovejas en áreas muy frías.