Los parásitos gastrointestinales (GIPs) son organismos que se conocen por haber coevolucionado durante milenios con sus huéspedes mamíferos. Estos parásitos producen pequeñas moléculas, péptidos y proteínas para evadir o combatir los sistemas inmunológicos de sus huéspedes y también para proteger a su huésped para su propia supervivencia/coexistencia. Las pequeñas moléculas incluyen compuestos polares, aminoácidos, lípidos y carbohidratos. La metabolómica y la lipidómica son campos de investigación emergentes que se han aplicado recientemente para estudiar infecciones por helmintos, interacciones huésped-parásito y bioquímicos de los GIPs. Esta revisión discute de manera integral los estudios de metabolómica y lipidómica de las pequeñas moléculas de los GIPs, proporcionando información sobre las herramientas y técnicas disponibles, bases de datos y software analítico. La mayoría de las investigaciones de metabolómica y lipidómica emplearon LC-MS, MS o MS/MS, RMN, o una combinación de estos. Los recientes avances en herramientas de software y bases de datos asistidas por inteligencia artificial (IA) han impulsado la parasitómica hacia adelante, ofreciendo nuevas avenidas para explorar interacciones huésped-parásito, inmunomodulación y las complejidades del parasitismo. A medida que nuestra comprensión de las tecnologías de IA y su utilización continúan expandiéndose, promete revelar nuevas perspectivas y enriquecer el conocimiento de estas complejas relaciones huésped-parásito.