Los nematodos entomopatógenos (EPN), pertenecientes a la familia Heterorhabditidae, son parásitos letales de insectos edáficos. Se reportaron dos especies en Argentina: Heterorhabditis argentinensis y Heterorhabditis bacteriophora, caracterizadas principalmente por características morfométricas. En este trabajo, se realizó un estudio comparativo y filogenético entre cinco poblaciones de Heterorhabditis de Argentina para analizar la variabilidad entre cepas y evaluar la posición taxonómica de Heterorhabditis argentinensis. Los análisis de ACP de caracteres morfométricos separaron las poblaciones de H. argentinensis (juvenil, hembra y macho) de H. bacteriophora (H. argentinensis) de las de H. bacteriophora. El estadio juvenil (IJ) proporcionó la separación más clara de las poblaciones de Heterorhabditis, presentando la menor variabilidad entre cepas. Las variables L y MBW mostraron una alta relación con los IJ de H. argentinensis. En esta etapa, se separaron tres grupos considerando PC1 y PC2: uno formado por las cepas OLI, RIV y RN de H. bacteriophora (aislados de las provincias de Córdoba y Río Negro), uno por la cepa VELI de H. bacteriophora (provincia de Buenos Aires) y otro por H. argentinensis (provincia de Santa Fe). Heterorhabditis bacteriophora VELI y H. argentinensis aislados de regiones con mayor pluviosidad y humedad presentaron valores mayores en las características morfométricas. Los análisis moleculares mostraron que las poblaciones argentinas (cepa VELI de H. bacteriophora y H. argentinensis) forman un mismo clado con otras seis poblaciones de H. bacteriophora (no argentinas) con una similitud genética del 99%. Heterorhabditis argentinensis presentó un nucleótido único que no estaba presente en ninguna de las otras especies del clado. Considerando los resultados de este estudio, H. argentinensis sería conespecífica de H. bacteriophora, constituyendo una cepa con una gran variación morfométrica donde las condiciones del hospedador y climáticas podrían haber influido en las mediciones.