El genotipo del reovirus de carpa herbívora (GCRV) causa una variedad de enfermedades hemorrágicas en peces, lo que afecta gravemente el desarrollo sostenible de la acuicultura de carpa herbívora en China. El minnow raro es un modelo ideal de pez para estudiar la patogénesis del GCRV. Para investigar las respuestas moleculares involucradas contra la infección por GCRV, realizamos un análisis transcriptómico comparativo en el bazo y el hígado de minnow raro inyectados con la cepa virulenta DY197 y la cepa atenuada QJ205. Los resultados mostraron que la cepa virulenta DY197 indujo más genes expresados diferencialmente (DEGs) que la cepa atenuada QJ205, y se indujeron respuestas específicas de tejido. En el bazo, las cepas atenuada y virulenta indujeron diferentes DEGs; la infección por QJ205 atenuada activó la vía de síntesis de esteroides que está involucrada en la formación de membranas; sin embargo, la infección por DY197 virulenta activó vías relacionadas con la inmunidad innata y la apoptosis mientras suprimía las vías relacionadas con la proliferación celular y la migración que son importantes para la reparación de tejidos dañados, así como las vías relacionadas con la hemorragia. En el hígado, la infección por las cepas atenuada y virulenta indujo DEGs similares; ambas infecciones activaron vías relacionadas con la inmunidad y la apoptosis pero suprimieron las vías relacionadas con el metabolismo; la infección por DY197 virulenta activó especialmente vías relacionadas con la digestión y absorción de proteínas y suprimió la vía de síntesis de esteroides. En conclusión, la infección por la cepa virulenta indujo especialmente alteraciones específicas de tejido y causó una severa supresión de las vías relacionadas con la hemorragia en el bazo. Nuestros hallazgos contribuirán a una mejor comprensión de las interacciones entre el hospedador y el GCRV II.