A lo largo de los años, las ostras han enfrentado problemas recurrentes de mortalidad masiva durante la temporada de reproducción en verano, siendo la infección un factor contribuyente significativo. Se confirmó que los túbulos de los filamentos branquiales estaban en la posición hematopoyética, que producen hemocitos con capacidades de defensa inmunológica. Además, las células epiteliales de las branquias de las ostras producen efectores inmunes para defenderse contra patógenos. A la luz de esto, realizamos un análisis de transcriptoma de tejidos branquiales obtenidos de ostras infectadas durante 12 h y 48 h. A través de este análisis, identificamos 1024 genes expresados diferencialmente (DEGs) a las 12 h post-inyección y 1079 DEGs a las 48 h post-inyección. El análisis de enriquecimiento de estos DEGs reveló una asociación significativa con términos de Gene Ontology (GO) relacionados con la inmunidad y vías de la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Para investigar más a fondo la respuesta inmune, construimos una red de interacción proteína-proteína (PPI) utilizando los DEGs enriquecidos en vías KEGG asociadas a la inmunidad. Esta red proporcionó información sobre las interacciones y relaciones entre estos genes, arrojando luz sobre los mecanismos subyacentes del mecanismo de defensa inmune innata en las branquias de las ostras. Para asegurar la precisión de nuestros hallazgos, validamos 16 genes clave utilizando RT-PCR cuantitativa. En general, este estudio representa la primera exploración del mecanismo de defensa inmune innata en las branquias de las ostras utilizando un enfoque de red PPI. Los hallazgos proporcionan información valiosa para futuras investigaciones sobre el control de patógenos en ostras y el desarrollo de ostras con resistencia antimicrobiana mejorada.