En este estudio, investigamos cómo los cambios en la salinidad afectan la biodiversidad y la función en 11 cuerpos de agua típicos de la región de Altai. La salinidad de los cuerpos de agua dulce osciló entre 0 y 5, las salinidades de agua salobre variaron de 5 a 20, y los entornos hipersalinos tuvieron salinidades > 20. Identificamos 11 órdenes, 34 familias y 55 géneros en 3061 muestras bentónicas y los clasificamos en 10 rasgos y 32 categorías. Posteriormente, realizamos pruebas de Mantel y análisis de correlación canónica (CCA) y calculamos índices de biodiversidad y diversidad funcional para cada sitio de muestreo. Los resultados indicaron que la biodiversidad y la proporción de rasgos funcionales eran mayores en entornos de agua dulce que en entornos salinos y disminuían gradualmente con el aumento de la salinidad. Se observaron cambios notables en la distribución de especies en entornos de alta salinidad, acompañados de rasgos funcionales específicos como la capacidad de nadar, tamaños corporales más pequeños y adaptaciones a la respiración aérea. Los índices de diversidad revelaron que las especies estaban más distribuidas de manera uniforme en entornos de alta diversidad bajo la influencia de la salinidad. En contraste, en entornos de alta salinidad, solo unas pocas especies dominaban. Los resultados sugirieron que el aumento de la salinidad aceleró la evolución de las comunidades bentónicas, lo que llevó a una reducción de la diversidad de especies y a una homogeneización funcional. Recomendamos mejorar el monitoreo de los recursos hídricos salinos e implementar una gestión sostenible de los recursos hídricos para mitigar el impacto del estrés por salinidad en las comunidades acuáticas en respuesta a la salinización del suelo y del agua inducida por el clima.