La familia CLE (CLAVATA3/embrión que rodea la región relacionada), una clase de pequeñas proteínas secretadas, desempeña roles importantes en el desarrollo de plantas y respuestas al estrés. Los miembros de la familia CLE han sido caracterizados en varias especies de plantas, incluyendo arroz. Sin embargo, hay información limitada disponible sobre los péptidos CLE en tabaco y especies relacionadas. Aquí informamos la identificación de 84 miembros de la familia CLE en tres especies basada en similitud de secuencia. Los miembros de CLE recién identificados, incluyendo 41 de una especie, 19 de otra, y 24 de otra, junto con 32 CLEs de una especie y 52 CLEs de tomate, formaron 9 subgrupos en un árbol filogenético. La distribución desequilibrada de los CLEs en los subgrupos sugirió una expansión potencial preferencial de la familia génica durante la evolución. La expresión de los genes NtCLE fue analizada y varios de los NtCLEs mostraron una expresión inducida tras tratamientos de estrés abiótico. Péptidos sintéticos de varios NtCLEs, cuando se aplicaron a discos de hojas de tabaco separadas, pudieron aumentar la tolerancia de las plantas al estrés osmótico y de salinidad, sugiriendo roles potenciales de los péptidos CLE en las respuestas al estrés del tabaco.