El kobuvirus porcino (PKV) es un virus entérico comúnmente detectado en cerdos tanto diarreicos como sanos. Se sabe poco sobre el papel del PKV en las enfermedades entéricas. En este estudio, se realizó una investigación epidemiológica basada en 324 muestras intestinales recolectadas de seis provincias de China durante el período de 2018 a 2022, y se mostró que el PKV tiene una tasa positiva general del 65.43% (212/324). Notablemente, el 89.47% (17/19) de los cerdos positivos para PKV y el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) presentaron enfermedades clínicas, mientras que el 91.71% (177/193) de los cerdos positivos para PKV pero negativos para PEDV estaban clínicamente sanos, lo que sugiere que la infección por PKV en sí misma es poco probable que cause enfermedades entéricas. Además, se obtuvieron tres genomas de PKV tanto de cerdos enfermos como sanos. El análisis filogenético mostró que las cepas de PKV chinas podrían dividirse en tres grupos (cepas similares a SH-W-CHN, S-1-HUN y JXAT2015). Todos los tres genomas de PKV obtenidos pertenecen a cepas similares a SH-W-CHN y JSYZ1806-158 fue detectado como un virus recombinante. Además, las comparaciones múltiples mostraron que las similitudes de nucleótidos son claramente inferiores a las similitudes de aminoácidos para los polipéptidos de PKV. El análisis de presión selectiva indicó que los polipéptidos de PKV chinos están predominantemente bajo selección negativa. En general, este estudio proporcionó nuevas perspectivas sobre la prevalencia y evolución del PKV en cerdos tanto diarreicos como sanos en China.