Para investigar la eficiencia del metabarcoding de eDNA en el monitoreo de comunidades de macroinvertebrados bentónicos y la evaluación ecológica en ecosistemas fluviales, este estudio comparó los resultados del metabarcoding de eDNA con la identificación morfológica. Los hallazgos revelaron que el metabarcoding de eDNA no detectó un mayor número de taxones de macroinvertebrados bentónicos en comparación con los métodos tradicionales, y sus resultados no correspondieron invariablemente a la verdadera estructura de la comunidad. Sin embargo, el metabarcoding de eDNA demostró una tasa de detección más alta para anélidos que los enfoques morfológicos. Las evaluaciones ecológicas basadas en el metabarcoding de eDNA no siempre fueron confiables. Este estudio contribuye al avance y optimización de los métodos basados en eDNA para la investigación de macroinvertebrados bentónicos, mejorando el conocimiento y la comprensión actuales de las aplicaciones de eDNA en el monitoreo ecológico de ríos, proporcionando así un apoyo más sólido para la toma de decisiones ecológicas.