Integraciones de HERV-K(HML7) en el Genoma Humano: Caracterización Integral y Análisis Comparativo en Primates No Humanos
Autores: Grandi, Nicole; Pisano, Maria Paola; Pessiu, Eleonora; Scognamiglio, Sante; Tramontano, Enzo
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Integraciones de HERV-K(HML7) en el Genoma Humano: Caracterización Integral y Análisis Comparativo en Primates No Humanos
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Retrovirus endógeno
Línea germinal de primates
Evolución de vertebrados
ERV humano
Expresión de HERV
Diversidad genómica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 18
Citaciones: Sin citaciones
Los retrovirus endógenos (ERVs) son reliquias antiguas de infecciones que afectaron la línea germinal de los primates y constituyen aproximadamente el 8% de nuestro genoma. La creciente evidencia indica que los ERVs tuvieron un papel importante en la evolución de los vertebrados, siendo ocasionalmente domesticados por la fisiología del huésped. Además, la expresión de ERV humano (HERV) se investiga ampliamente por su posible papel patológico, aunque aún no se han reportado asociaciones claras. De hecho, por un lado, el estudio de la expresión de HERV en datos de alto rendimiento es una herramienta poderosa y prometedora para evaluar su disfunción real en condiciones de enfermedad; pero, por otro lado, el escaso conocimiento sobre la diversidad genómica de los diversos grupos de HERV y sus miembros individuales ha impedido de alguna manera la asociación entre loci específicos de HERV y un determinado mecanismo molecular de patogénesis. El presente estudio se centra en el grupo HERV-K(HML7) que, a diferencia de los otros miembros de HERV-K, sigue siendo poco caracterizado. A partir de una identificación inicial realizada con el software RetroTector, recopilamos 23 inserciones provirales de HML7 y aproximadamente 160 LTRs solitarios de HML7 que fueron analizados en términos de distribución genómica, revelando un enriquecimiento significativo en el cromosoma X y la localización frecuente dentro de intrones de genes humanos, así como en regiones pericentroméricas y centroméricas. Los análisis filogenéticos mostraron que los miembros de HML7 forman un grupo monofilético, que, basado en la estimación de edad y la localización comparativa en primates no humanos, tuvo su mayor difusión entre 20 y 30 millones de años atrás. La caracterización estructural reveló que, además de 3 provirus HML7 completos, los otros miembros del grupo compartían una estructura altamente defectuosa que, sin embargo, aún presenta dominios funcionales reconocibles, lo que hace que valga la pena investigar más en la población humana para evaluar la presencia de un potencial codificante residual.
Descripción
Los retrovirus endógenos (ERVs) son reliquias antiguas de infecciones que afectaron la línea germinal de los primates y constituyen aproximadamente el 8% de nuestro genoma. La creciente evidencia indica que los ERVs tuvieron un papel importante en la evolución de los vertebrados, siendo ocasionalmente domesticados por la fisiología del huésped. Además, la expresión de ERV humano (HERV) se investiga ampliamente por su posible papel patológico, aunque aún no se han reportado asociaciones claras. De hecho, por un lado, el estudio de la expresión de HERV en datos de alto rendimiento es una herramienta poderosa y prometedora para evaluar su disfunción real en condiciones de enfermedad; pero, por otro lado, el escaso conocimiento sobre la diversidad genómica de los diversos grupos de HERV y sus miembros individuales ha impedido de alguna manera la asociación entre loci específicos de HERV y un determinado mecanismo molecular de patogénesis. El presente estudio se centra en el grupo HERV-K(HML7) que, a diferencia de los otros miembros de HERV-K, sigue siendo poco caracterizado. A partir de una identificación inicial realizada con el software RetroTector, recopilamos 23 inserciones provirales de HML7 y aproximadamente 160 LTRs solitarios de HML7 que fueron analizados en términos de distribución genómica, revelando un enriquecimiento significativo en el cromosoma X y la localización frecuente dentro de intrones de genes humanos, así como en regiones pericentroméricas y centroméricas. Los análisis filogenéticos mostraron que los miembros de HML7 forman un grupo monofilético, que, basado en la estimación de edad y la localización comparativa en primates no humanos, tuvo su mayor difusión entre 20 y 30 millones de años atrás. La caracterización estructural reveló que, además de 3 provirus HML7 completos, los otros miembros del grupo compartían una estructura altamente defectuosa que, sin embargo, aún presenta dominios funcionales reconocibles, lo que hace que valga la pena investigar más en la población humana para evaluar la presencia de un potencial codificante residual.