Los nuevos operadores fraccionarios tienen como objetivo atraer problemas no locales que presentan comportamiento fractal; por lo tanto, las derivadas fraccionarias tienen aplicaciones en la descripción de relaciones a largo plazo junto con fenómenos a micro y macro escala. Formulada por operadores fraccionarios, la formulación de un sistema dinámico se utiliza en aplicaciones para la descripción de sistemas con interacciones a largo alcance. Las enfermedades transmitidas por vectores son uno de los problemas de salud pública más graves del mundo con un gran impacto económico en las naciones afectadas. El aumento de la población, la urbanización, la globalización y la falta de infraestructura de salud pública han tenido un papel en la introducción y reaparición de enfermedades transmitidas por vectores durante las últimas cuatro décadas. El control de estas infecciones es importante para disminuir la carga económica de las enfermedades transmitidas por vectores en las regiones afectadas. En este trabajo de investigación, formulamos el proceso de transmisión del virus del Zika con el impacto de la tasa de incidencia sexual y la vacunación en términos matemáticos. Presentamos la teoría fundamental de los operadores fraccionarios Caputo-Fabrizio (CF) y Atangana-Baleanu (AB) para el análisis del sistema propuesto. Examinamos nuestro sistema de infección por Zika y determinamos el indicador endémico a través de una técnica de matriz de próxima generación. La unicidad y existencia de la solución han sido investigadas a través de la teoría del punto fijo. En consecuencia, se ha introducido un método numérico para investigar la naturaleza dinámica del sistema y hacer una comparación de los resultados de los operadores. El impacto de diferentes factores de entrada ha sido conceptualizado a través del comportamiento dinámico del sistema. Observamos que al reducir el índice de memoria, el sistema fraccionario proporciona resultados precisos sobre la dinámica del Zika recomendada y reduce drásticamente el número de personas infectadas. Se ha demostrado que la alta eficacia de una vacuna puede reducir el nivel de infección. Además, el impacto de otros parámetros en el sistema de infección por el virus del Zika se destaca a través de resultados numéricos.