Los surfactantes se encuentran entre los principales contaminantes químicos en las aguas grises (AG) y pueden causar problemas de salud graves en humanos y organismos acuáticos. Evaluamos el rendimiento de un sistema de humedal construido de múltiples etapas (EvaTAC) para el tratamiento de AG y la capacidad de la comunidad microbiana en la biodegradación del sulfonato de benceno lineal alquilo (LAS). Se realizaron análisis fisicoquímicos durante 497 días, y se recolectaron muestras de biomasa para secuenciación de ADN de alto rendimiento. El sistema estuvo predominado por condiciones anaerobias y recibió una demanda química de oxígeno (DQO) y LAS promedio de 374 y 32 mg·L, con tasas de eliminación del 66% y 43%, respectivamente. Una correlación positiva entre DQO y LAS sugirió que la DQO es un parámetro de diseño para la eliminación de LAS. Identificamos géneros microbianos que participan en la hidrólisis, fermentación, sintrofía, acetogénesis, metanogénesis, degradación de surfactantes y reducción de sulfato. Entre los 15 géneros degradadores de surfactantes, uno fue predominante. La riqueza de la comunidad y los índices de diversidad fueron comparables entre subsistemas, con una ligera disminución en la diversidad observada hacia la salida. Entre los degradadores de LAS, uno tuvo la mayor abundancia relativa de unidades taxonómicas operativas (OTU) en todas las muestras y la mayor riqueza en la cámara anaerobia. Los patrones en la composición de la comunidad microbiana y las condiciones ambientales sugieren que la biodegradación de LAS ocurrió a lo largo del sistema EvaTAC.