Las tecnologías de secuenciación de próxima generación han revolucionado el estudio de los sistemas biológicos al permitir el examen de una amplia gama de tejidos. Su aplicación a la genómica de células individuales ha generado un campo dinámico y en evolución con una gran cantidad de investigaciones que destacan la heterogeneidad en el estado transcripcional, genético y epigenómico entre las células. Sin embargo, en comparación con estos aspectos de la heterogeneidad celular, se ha obtenido relativamente poca información de los conjuntos de datos de células individuales en lo que respecta a la heterogeneidad mitocondrial celular. Las técnicas de secuenciación de células individuales pueden proporcionar cobertura del genoma mitocondrial, lo que permite a los investigadores investigar las heteroplasmas a nivel de la célula individual y observar interacciones con la función celular. En esta revisión, ofrecemos una visión general de dos modalidades populares de células individuales: la secuenciación de ARN de células individuales y la secuenciación ATAC de células individuales, cuyo rendimiento y uso generalizado ofrecen a los investigadores la oportunidad de investigar la heteroplasmia combinada con el estado celular en una resolución detallada a través de miles de células. Después de resumir estas tecnologías en el contexto de la investigación mitocondrial, ofrecemos una visión general de los métodos recientes que han utilizado estos enfoques para descubrir la heterogeneidad mitocondrial. Concluimos destacando las limitaciones actuales de estos enfoques y los problemas abiertos para futuras consideraciones.