El Mar Piccolo es un sistema de aguas transicionales ubicado en la ciudad de Taranto (Italia del Sur); es una cuenca semi-cerrada afectada por graves problemas de contaminación debido a la presencia de diversas actividades industriales, agrícolas y otras actividades antrópicas que requieren un monitoreo y gestión cuidadosos. Los niveles de contaminación alcanzados a lo largo del tiempo han perjudicado la biodiversidad marina y la salud humana, requiriendo repetidamente acciones oportunas para su mitigación. Las metodologías y técnicas de caracterización juegan hoy un papel fundamental en el apoyo a la fase de toma de decisiones, procesando grandes cantidades de datos e identificando patrones y correlaciones complejas. Un enfoque centrado en obtener un conocimiento detallado de contextos ambientales complejos a través de técnicas de mapas de agrupamiento permite resultados altamente precisos, capturando incluso las variaciones más pequeñas en las características del objeto de estudio y correlacionándolas fuertemente con posibles fuentes de contaminación. El uso de estas técnicas mejora la precisión de los análisis y puede contribuir significativamente a mejorar la comprensión del estado ambiental en el área del Mar Piccolo. Este estudio aborda el problema de la contaminación en el Mar Piccolo debido a los desechos marinos, que ha llevado a la formación de hábitats sinantrópicos en el fondo marino. También destaca el valor de los mapas de agrupamiento y otras técnicas de caracterización para lograr conocimientos detallados en varios niveles de análisis. El procesamiento de datos a través de la metodología propuesta puede generar mapas muy detallados útiles para planificar intervenciones de recuperación de precisión que también incluyan acciones de conservación de especies, así como una mejor comprensión de cómo se distribuyen y evolucionan los hábitats sinantrópicos. En resumen, este estudio demuestra cómo es posible mejorar la precisión del procesamiento de datos, proporcionando detalles cruciales para la gestión y conservación de ecosistemas marinos altamente amenazados.