Las complejidades inherentes a la gestión de recursos dentro de ecosistemas de innovación digital interdominio se han intensificado significativamente, dando lugar a desafíos aumentados en las interacciones colaborativas entre diversos interesados, lo que impacta directamente en la estabilidad sistémica. Los marcos de gobernanza convencionales para ecosistemas de innovación son inadecuados para gestionar de manera efectiva las incertidumbres y riesgos inherentes a estos entornos. Para abordar el dilema de la gobernanza colaborativa y mejorar la eficiencia de la gobernanza, este documento tiene como objetivo construir un mecanismo de gobernanza colaborativa efectivo para un ecosistema de innovación digital interdominio y explorar las elecciones estratégicas óptimas de los principales interesados en la gobernanza, incluidos el gobierno, las empresas de plataformas digitales y otras partes relevantes. Esta investigación utiliza la teoría de juegos evolutivos para construir un modelo que comprende tres entidades de gobernanza: el gobierno, las empresas de plataformas digitales y los interesados. Investiga las dinámicas evolutivas de las estrategias de gobernanza colaborativa entre estas entidades y los factores que influyen en la gobernanza. A continuación, se emplea una metodología de dinámica de sistemas para el análisis de simulación. Los resultados revelan lo siguiente: (1) A medida que las intenciones iniciales de las entidades de gobernanza evolucionan, las decisiones de gobernanza dentro del sistema tienden a estabilizarse, caracterizadas por una combinación estratégica de regulación proactiva, gobernanza cooperativa activa y participación comprometida. Esta estrategia de gobernanza en equilibrio fomenta significativamente el avance estable de los ecosistemas de innovación digital interdominio. (2) Las medidas punitivas impuestas por el gobierno y las estructuras de incentivos internas del sistema influyen positivamente en la evolución de las decisiones de gobernanza hacia la gobernanza colaborativa. (3) La evaluación de costo-beneficio de la entidad de gobernanza principal, la empresa de plataforma digital, demuestra un efecto perjudicial en la evolución de las decisiones de gobernanza hacia la gobernanza colaborativa. Estos hallazgos son vitales para refinar los marcos de gobernanza colaborativa de los ecosistemas de innovación digital interdominio y para promover la progresión robusta y estable del sistema.