La sumersión durante la germinación es una barrera importante para la adopción del arroz sembrado directamente (DSR). A pesar de su importancia para superar esta barrera, la arquitectura genética subyacente a la rápida elongación del coleóptilo bajo sumersión sigue siendo en gran medida elusiva. A través de la selección entre 20 cultivares de arroz diferentes, se obtuvieron un cultivar tolerante a la sumersión, Xian133, y un cultivar sensible, Chang15. Se llevaron a cabo análisis de transcriptómica comparativa y resecuenciación del genoma completo entre estos dos cultivares. Los resultados muestran que la rápida germinación bajo inundación es impulsada principalmente por la reprogramación transcripcional en lugar de por la regulación genética antagónica. Los análisis a nivel de transcriptoma revelaron un enriquecimiento significativo de la vía de metabolismo de aminoazúcares y azúcares nucleotídicos en el cultivar tolerante. Esto fue respaldado aún más por el hecho de que las variantes de promotor en los loci clave modulan la expresión de estos genes y emergen como determinantes principales de la capacidad de elongación del coleóptilo bajo hipoxia. Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) identificados dentro de estas regiones regulatorias proporcionan objetivos moleculares prometedores para la cría asistida por marcadores de cultivares DSR.