Las poblaciones microbianas involucradas en la formación de los precipitados distintivos de S, Fe, Mn y Ca en la cuenca del río San Diego reflejan una interacción entre la mineralogía de las rocas en la cuenca, la escasa lluvia, la anoxia de las aguas subterráneas y superficiales, y el escurrimiento de agua tratada importada con alto contenido de sulfato. En las cabeceras escasamente desarrolladas, el afluente del arroyo Temescal emerge de rocas metamórficas que contienen pirita, y por lo tanto exhibe tanto Fe oxidado como S reducido. En los tramos medios, el río atraviesa tierras desarrolladas donde el agua tratada importada de alto sulfato del río Colorado entra por escorrentía urbana. El parque Mast, rodeado de rocas sedimentarias que contienen caliche, es un sitio donde se está precipitando marl. Las piedras en los rápidos a lo largo del río están cubiertas de negro con óxido de Mn. Cuando el río encuentra roca ígnea profunda, brota para precipitar tanto óxidos de Fe como de Mn en la presa Old Mission. Luego, fluyendo directamente a través de rocas sedimentarias impregnadas de caliche, el afluente Birchcreek precipita tufa. Más abajo, en un sitio bajo un puente que bloquea la luz solar, se establece un sulfuretum cuando el río está desoxigenado. Tal rica geoquímica resulta en la actividad de bacterias oxidantes de hierro y manganeso, oxidadores y reductores de azufre, y cianobacterias que precipitan marl calcáreo y tufa.