La auxina es la única hormona vegetal que exhibe polaridad de transporte mediada por tres familias: transportadores de entrada resistentes a la auxina (AUX) 1/como AUX1 (LAX), transportadores de salida formados por pin (PIN) y transportadores de entrada/salida de la caja de unión de ATP B (ABCB). Se han reportado estudios extensos sobre las funciones biológicas de los genes transportadores de auxina en plantas modelo. La información sobre estos genes en la papa sigue siendo escasa. Aquí, realizamos un análisis exhaustivo de las familias de genes transportadores de auxina en la papa para examinar distribuciones genómicas, filogenia, análisis de coexpresión, estructura génica y localización subcelular, y perfil de expresión utilizando herramientas bioinformáticas y análisis de qRT-PCR. A partir de estos análisis, se identificaron 5 StLAXs, 10 StPINs y 22 StABCBs en el genoma de la papa, distribuidos en 10 de 18 módulos génicos que correlacionan con el desarrollo de varios tejidos. Los experimentos de expresión transitoria indicaron que tres transportadores de auxina representativos mostraron localizaciones en la membrana plasmática. La respuesta a la auxina y a los inhibidores del transporte de auxina implicó sus posibles roles en la mediación de la homeostasis y redistribución intercelular de auxina. La expresión diferencial bajo ácido abscísico y estrés abiótico indicó sus mecanismos adaptativos específicos que regulan la tolerancia a estímulos ambientales. Un gran número de elementos relacionados con la respuesta a la auxina y el estrés dentro de sus promotores podría explicar su respuesta a diversos estreses. Nuestro estudio tuvo como objetivo comprender la importancia biológica de los transportadores de auxina de la papa en la señalización hormonal y la tolerancia a estreses ambientales.