Perfilado del transcriptoma del hígado en ganado Nellore fenotípicamente divergente para RFI en dos grupos genéticos
Autores: Serna-García, Marta; Fonseca, Larissa Fernanda Simielli; Panadero Romero, Joaquin Javier; Carretero Asuncion, Julian; dos Santos Silva, Danielly Beraldo; Salatta, Bruna Maria; Frezarim, Gabriela Bonfá; Mercadante, Maria Eugênia Zerlotti; Bonilha, Sarah Figueiredo Martins; Ferro, Jesus Aparecido; De Albuquerque, Lucia Galvão
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Perfilado del transcriptoma del hígado en ganado Nellore fenotípicamente divergente para RFI en dos grupos genéticos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Identificación
Selección
Datos de RNA-seq
Genes
Biomarcadores
Procesos biológicos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La identificación y selección de animales genéticamente superiores para la ingesta residual de alimento (RFI) podría mejorar la productividad y minimizar los impactos ambientales. El objetivo de este estudio fue utilizar datos de RNA-seq para identificar los genes expresados diferencialmente (DEGs), los ARN no codificantes (ncRNAs) conocidos, biomarcadores específicos y procesos biológicos enriquecidos asociados con el RFI del hígado en ganado Nellore en dos grupos genéticos. En el grupo genético 1 (G1), se seleccionaron 24 animales extremos de RFI (12 de bajo RFI (LRFI) frente a 12 de alto RFI (HRFI)) de una población de 60 toros Nellore. El RNA-seq de las muestras de sus tejidos hepáticos se realizó utilizando un Illumina HiSeq 2000. En el grupo genético 2 (G2), se seleccionaron 20 muestras de tejido hepático de toros Nellore divergentes para RFI (LRFI, = 10 frente a HRFI, = 10) de 83 animales. Los datos en bruto del G2 se eligieron del repositorio ENA. Se encontraron un total de 1811 DEGs para el G1 y 2054 para el G2. El gen se sobreexpresó en el grupo LRFI. Este gen regula el metabolismo de lípidos, la rotación de proteínas e inhibe la muerte celular. También encontramos ARN no codificantes en ambos grupos. MIR25 se reguló al alza y SNORD16 se reguló a la baja en el LRFI para G1. Para G2, se encontraron RNase_MRP y SCARNA10 regulados al alza. Destacamos a MIR25 como capaz de actuar bloqueando la citotoxicidad y el estrés oxidativo y a RMRP como un bloqueador del daño mitocondrial. Las vías biológicas asociadas con el RFI del hígado en ganado Nellore en los dos grupos genéticos fueron para el metabolismo energético, la rotación de proteínas, la homeostasis redox y la respuesta inmune. Los transcritos comunes, biomarcadores y vías metabólicas encontrados en los dos grupos genéticos hacen que este trabajo sin precedentes sea aún más relevante, ya que los resultados son válidos para diferentes rebaños criados de diferentes maneras. Los resultados refuerzan la importancia biológica de estos procesos conocidos, pero también revelan nuevas perspectivas sobre la complejidad del transcriptoma del tejido hepático de ganado Nellore.
Descripción
La identificación y selección de animales genéticamente superiores para la ingesta residual de alimento (RFI) podría mejorar la productividad y minimizar los impactos ambientales. El objetivo de este estudio fue utilizar datos de RNA-seq para identificar los genes expresados diferencialmente (DEGs), los ARN no codificantes (ncRNAs) conocidos, biomarcadores específicos y procesos biológicos enriquecidos asociados con el RFI del hígado en ganado Nellore en dos grupos genéticos. En el grupo genético 1 (G1), se seleccionaron 24 animales extremos de RFI (12 de bajo RFI (LRFI) frente a 12 de alto RFI (HRFI)) de una población de 60 toros Nellore. El RNA-seq de las muestras de sus tejidos hepáticos se realizó utilizando un Illumina HiSeq 2000. En el grupo genético 2 (G2), se seleccionaron 20 muestras de tejido hepático de toros Nellore divergentes para RFI (LRFI, = 10 frente a HRFI, = 10) de 83 animales. Los datos en bruto del G2 se eligieron del repositorio ENA. Se encontraron un total de 1811 DEGs para el G1 y 2054 para el G2. El gen se sobreexpresó en el grupo LRFI. Este gen regula el metabolismo de lípidos, la rotación de proteínas e inhibe la muerte celular. También encontramos ARN no codificantes en ambos grupos. MIR25 se reguló al alza y SNORD16 se reguló a la baja en el LRFI para G1. Para G2, se encontraron RNase_MRP y SCARNA10 regulados al alza. Destacamos a MIR25 como capaz de actuar bloqueando la citotoxicidad y el estrés oxidativo y a RMRP como un bloqueador del daño mitocondrial. Las vías biológicas asociadas con el RFI del hígado en ganado Nellore en los dos grupos genéticos fueron para el metabolismo energético, la rotación de proteínas, la homeostasis redox y la respuesta inmune. Los transcritos comunes, biomarcadores y vías metabólicas encontrados en los dos grupos genéticos hacen que este trabajo sin precedentes sea aún más relevante, ya que los resultados son válidos para diferentes rebaños criados de diferentes maneras. Los resultados refuerzan la importancia biológica de estos procesos conocidos, pero también revelan nuevas perspectivas sobre la complejidad del transcriptoma del tejido hepático de ganado Nellore.