La glutatión peroxidasa (GPX) de las plantas es una enzima antioxidante importante para mantener la homeostasis del HO y regular la respuesta de las plantas al estrés abiótico. En este artículo, presentamos el primer informe de una identificación a nivel genómico de genes en sandía. Se identificaron un total de seis genes, los cuales estaban ubicados de manera desigual en cuatro cromosomas del genoma de la sandía. Según el análisis filogenético, los genes de sandía, arroz, pepino y sorgo fueron clasificados en cuatro grupos. A través del análisis de las regiones promotoras de los genes, también se identificaron muchos elementos reguladores que actúan en el desarrollo, el estrés y las hormonas. El análisis del patrón de expresión por qRT-PCR indicó que todos los genes se expresaban activamente en flores y frutos, y mostraban una expresión relativamente menor en otros tejidos, especialmente raíces y tallos. Además, la expresión de los genes fue significativamente inducida por la sal, la sequía y el frío, así como por el tratamiento con ácido abscísico (ABA) en diferentes momentos, lo que sugiere que podrían estar involucrados en la respuesta al estrés abiótico y al ABA. En conjunto, nuestros hallazgos demostraron que los genes podrían funcionar en el desarrollo de la sandía, especialmente en los tejidos de flores y frutos, así como en la respuesta al estrés abiótico y las hormonas.