Estudiar cómo interactúan las regiones neuroanatómicas discretas espacialmente en el cerebro es fundamental para avanzar en nuestra comprensión del cerebro. Las técnicas tradicionales de neuroimagen han llevado a muchos descubrimientos importantes sobre la naturaleza de estas interacciones, denominadas conectividad funcional. Sin embargo, en modelos animales, estas técnicas tradicionales de neuroimagen generalmente se han limitado a configuraciones de anestesiados o con la cabeza fijada, o a la examinación de pequeños subconjuntos de regiones neuroanatómicas. Utilizando la densidad de expresión cerebral de genes inmediatos tempranos (IEG), podemos evaluar la conectividad funcional a nivel cerebral que subyace a una amplia variedad de tareas conductuales en modelos animales que se comportan libremente. Aquí, proporcionamos una visión general de los pasos necesarios para realizar análisis de conectividad funcional basados en IEG. También esbozamos consideraciones importantes al diseñar tales experimentos y demostramos las implicaciones de estas consideraciones utilizando un conjunto de datos de red basado en IEG generado con el propósito de esta revisión.