La fertilización adecuada de nitrógeno (N) y azufre (S) en los cultivos de colza es necesaria para obtener aceite de buena calidad y harina de colza post-extracción. El objetivo de este estudio fue determinar el efecto de diferentes dosis de fertilización de N (100, 160 y 220 kg/ha) y S (0, 30, 60 y 90 kg/ha) en el valor de las semillas de tres genotipos de colza de invierno. Dos genotipos de colza de invierno obtenidos por mutagénesis (la variedad Polka y el genotipo de cría PN440) se caracterizaron por un perfil de ácidos grasos modificado. La variedad Polka, tipo HO (alto oleico), tenía un alto contenido de ácido oleico (C18:1, 78,0%) y el genotipo de cría PN440, tipo HOLL (alto oleico y bajo linolénico), tenía un alto contenido de ácido oleico (C18:1, 75,0%) y un bajo contenido de ácido linolénico (C18:3, 3,0%). También se utilizó el tipo de colza de invierno cultivar Monolit. Los genotipos de colza de invierno analizados respondieron de manera similar a los factores de fertilización de N y S en cuanto al contenido de grasa cruda y proteína total en las semillas y la composición de ácidos grasos en el aceite. La fertilización con N aumentó el contenido de glucosinolatos (GLS-alquenilos, indol y total) en las semillas, mientras que la aplicación de S disminuyó el contenido de ácidos grasos saturados (ácido esteárico-C18:0) en el aceite y aumentó el contenido de alquenilos y glucosinolatos totales (GLSs) en las semillas. Se observó una interacción significativa entre N y S para el contenido de grasa cruda y proteína total. Este estudio sugiere que garantizar un suministro adecuado tanto de nitrógeno como de azufre en el suelo es esencial para optimizar la calidad de la harina y el aceite en diferentes tipos de cultivares de colza de invierno. El manejo adecuado de estos nutrientes puede conducir a una mejora en el contenido de aceite y en el rendimiento general del cultivo.