Las especies invasoras y el cambio climático rápido están afectando el control de nuevas enfermedades y epidemias de plantas. Para gestionar eficazmente estas enfermedades bajo condiciones ambientales cambiantes, se necesita una mejor comprensión de la fisiopatología con un enfoque holístico. Los enfoques multiómicas pueden ayudarnos a entender la relación entre las plantas y los microbios y construir modelos predictivos sobre cómo responden a los estreses ambientales. La aplicación de métodos ómicos permite el análisis simultáneo de los hospedadores vegetales, el suelo y la microbiota, proporcionando información sobre sus intrincadas relaciones y los mecanismos subyacentes a las interacciones planta-microbio. Esto puede ayudar en el desarrollo de nuevas estrategias para mejorar la salud de las plantas y mejorar las funciones del ecosistema del suelo. La revisión propone el uso de métodos ómicos para estudiar la relación entre los hospedadores vegetales, el suelo y la microbiota, con el objetivo de desarrollar una nueva técnica para regular la salud del suelo. Este enfoque puede proporcionar una comprensión integral de los mecanismos subyacentes a las interacciones planta-microbio y contribuir al desarrollo de estrategias efectivas para gestionar enfermedades de las plantas y mejorar las funciones del ecosistema del suelo. En conclusión, las tecnologías ómicas ofrecen un enfoque innovador y holístico para entender las interacciones planta-microbio y su respuesta a las condiciones ambientales cambiantes.