La planta medicinal es una planta muy apreciada que tiene obstáculos asociados con el cultivo continuo. Comprender los microorganismos del suelo es crucial, ya que desempeñan un papel importante en este sentido. Sin embargo, los microorganismos del suelo se ven afectados por múltiples factores; por lo tanto, necesitamos realizar una investigación más profunda. Este estudio investigó los efectos combinados de los tratamientos de riego y fertilizantes microbianos (J1F1, J1F2, J2F1, J2F2, J3F1, J3F2 y CK) en la diversidad de las comunidades microbianas bacterianas y fúngicas en la rizosfera de [planta]. Los genes 16S rRNA bacterianos y las secuencias del espacio transrito interno (ITS) fúngico se secuenciaron utilizando Illumina HiSeq. Los resultados mostraron que, sin fertilizante microbiano (CK), la abundancia y diversidad de la comunidad microbiana eran significativamente más bajas que en los otros tratamientos; además, entre los tratamientos de fertilizantes microbianos, la abundancia microbiana en F1 fue mayor que en F2. Bajo la misma aplicación de fertilizante microbiano, la tasa de incidencia de pudrición de raíces fue J2 > J1 > J3, y el rendimiento de [planta] fue J3 > J2 > J1. Bajo las mismas condiciones de riego, la tasa de incidencia de pudrición de raíces fue F1 > F2, y el rendimiento de [planta] fue F2 > F1. Este estudio proporciona una orientación importante para la microbiota vegetal y la agricultura sostenible.